想測一株菌的完成圖，基因組大概3Mb，GC含量46%
測序公司說可以用二代HiSeq先測，然后用一代、三代補(bǔ)Gap；
或者用二代測完精細(xì)圖，自己補(bǔ)Gap。價格便宜但是時間耗費(fèi)要長一些。
最近看了一些資料，三代讀長更長，測完拼裝，不用補(bǔ)Gap的樣子。覆蓋度也能達(dá)到100×，“感覺”好像更好一些。
如果價格差不多的情況下，三代和二代哪個更適合用來測細(xì)菌完成圖呢。
請各位大神賜教～～