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長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一類轉錄本長度超過200nt、不編碼蛋白的RNA。起初被認為是基因組轉錄的“噪音”，是RNA聚合酶II轉錄的副產物，不具有生物學功能。然而，近年來的研究表明，LncRNA參與了X染色體沉默（圖A），基因組印記以及染色質修飾，轉錄激活（圖B），轉錄干擾，核內運輸等多種重要的調控過程，LncRNA的這些調控作用也開始引起人們廣泛的關注。

圖A：LncRNA參與X染色體的沉默；圖B：LncRNA參與基因的轉錄激活。

哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生的轉錄本是LncRNA（相應的蛋白編碼RNA的比例是1%），雖然近年來關于LncRNA的研究進展迅猛，但是絕大部分LncRNA的功能仍不清楚，隨著研究的推進，各類 LncRNA 的大量發(fā)現，LncRNA 的研究將是 RNA 基因組研究非常吸引人的一個方向，使人們逐漸認識到基因組存在人類知之甚少的“暗物質”。

LncRNA作為RNA研究的熱點，在表觀遺傳、轉錄以及轉錄后等多種水平上調控編碼基因的表達，對物種的遺傳改良、疾病的發(fā)生發(fā)展及診斷治療有重要作用。相比傳統(tǒng)的芯片檢測，LncRNA測序結合高通量測序技術及生物信息學方法，能夠在整體水平上、全面挖掘樣品中LncRNA以及mRNA的信息。

利用新一代高通量測序技術進行l(wèi)ncRNA測序，并結合生物信息學的預測工具進行l(wèi)ncRNA分析，有助于科研工作者更快發(fā)現那些具有重要調控功能的lncRNA，分析其與特定生物學過程的關系。該方法可以更加高效地獲取lncRNA序列以及位置信息，且突破了常規(guī)lncRNA芯片檢測技術的使用范圍限制，還可對新的lncRNA進行預測及功能分析，極大促進lncRNA的深入研究。