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楊建華教授
中山大學 博士生導師

研究方向

1、開發(fā)基于新一代測序技術（NGS）的新算法和實驗方法解碼非編碼RNA基因的功能和調控網絡

2、整合高通量癌癥基因組數據結合實驗研究非編碼RNA在疾病發(fā)生發(fā)展中的作用

3、開發(fā)表觀轉錄組學的分析和實驗方法研究RNA修飾的功能和機制

學術成就

長期致力于開發(fā)新算法、平臺和實驗方法研究非編碼RNA基因和RNA修飾及其互作蛋白的結構、功能和作用機制。

以通訊作者或第一作者身份在Nature Cell Biology、Cell Research、Nucleic Acids Res.、Cell Reports等雜志發(fā)表20多篇研究論文，以合作者身份在Nature Methods、Cell Stem Cell等雜志發(fā)表10多篇研究論文。通訊作者或第一作者的研究論文有14篇IF>10.0，其中5篇研究論文被選為ESI高引用論文，1篇被Nature Cell Biology雜志亮點評述，1篇被選為Cell Research雜志的封面和亮點評述, 1篇論文入選“2014年中國百篇最具影響國際學術論文”， 單篇最高SCI他引超過400次。開發(fā)的工具被Nature等雜志引用超過1200次，受邀在Springer出版社出版了4篇關于非編碼RNA研究方法的論著章節(jié)。

率先利用CLIP-seq、ChIP-seq和Epitranscriptome數據和概率罰分模型等開發(fā)新的算法和平臺，包括starBase、snoSeeker、 StarScan、 circScan、RMBase、tRF2cancer、ChIPBase、deepBase等。starBase平臺已成為國際同行最廣泛使用的非編碼RNA功能網絡預測工具之一(starBase平臺在google scholar總引用超過1000次) 。

代表論文

1. Huang H, Weng H, Yang JH*, et al. Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m6A RNA modification co-transcriptionally[J]. Nature, 2019: 1.

2. Huang H, Weng H, Sun W, Yang JH*, et al. Recognition of RNA N6-methyladenosine by IGF2BP proteins enhances mRNA stability and translation. Nat Cell Biol. 2018 Mar;20(3):285-295.

3. Xuan JJ, Sun WJ, Lin PH, Yang JH*, et al. RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modif ications from epitranscriptome
sequencing data. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D327-D334.
4. Zheng LL, Zhou KR, Liu S, Yang JH*, et al. dreamBase: DNA modif ication, RNA regulation and protein binding of expressed pseudogenes in human health and disease. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D85-D91.
5. Wang ZL, Li B, Luo YX, Yang JH*, et al. Comprehensive Genomic Characterization of RNA-Binding Proteins across Human Cancers. Cell Rep. 2018 Jan 2;22(1):286-298.
6. Zhou KR, Liu S, Sun WJ, Yang JH*, et al. ChIPBase v2.0: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-seq data. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D43-D50.
7. Zheng LL, Xu WL, Liu S, Yang JH*, et al. tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W185-93.
8. Bao X, Guo X, Yin M, et al. Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nat Methods. 2018 Mar;15(3):213-220.
9. Yang JH?, Gou LT?, Dai P?, et al. Pachytene piRNAs instruct massive mRNA elimination during late spermiogenesis. Cell Res. 2014 Jun;24(6):680-700.