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廣州市殷賦信息科技有限公司
廣州市殷賦信息科技有限公司（簡(jiǎn)稱“殷賦科技”），成立于2015年11月。承蒙多所高校教授與研究生的鼎力支持，我們?cè)谒幬镌O(shè)計(jì)與篩選、計(jì)算化學(xué)/化學(xué)信息學(xué)、計(jì)算生物學(xué)/生物信息學(xué)及機(jī)器學(xué)習(xí)等領(lǐng)域進(jìn)行了長(zhǎng)期研究并積累了豐富的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。
殷賦科技堅(jiān)持“科技引領(lǐng)創(chuàng)新，專業(yè)提升效率”的理念，致力于成為國(guó)際領(lǐng)先的科研與應(yīng)用信息技術(shù)服務(wù)提供商，推動(dòng)國(guó)內(nèi)外科研、教育機(jī)構(gòu)與研發(fā)企業(yè)共同發(fā)展，在“信息咨詢、計(jì)算服務(wù)、教育培訓(xùn)、軟件開(kāi)發(fā)”等方面為客戶提供優(yōu)質(zhì)的一站式服務(wù)。
聚生物推薦技術(shù)
接服務(wù).jpg "A202-分子對(duì)接服務(wù)")
分子對(duì)接服務(wù)
我們采用分子對(duì)接方法，主要進(jìn)行以下兩方面的研究：
結(jié)合模式預(yù)測(cè)：研究/預(yù)測(cè)活性小分子與生物大分子之間的相互作用，了解其作用機(jī)制。
高通量虛擬篩選：從化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中快速找到具有潛在活性的小分子，節(jié)省實(shí)驗(yàn)成本，提高命中率。
.jpg "A202-虛擬篩選服務(wù)")
虛擬篩選服務(wù)
采用高通量虛擬篩選方法可從大型化合物庫(kù)（如約20萬(wàn)個(gè)化合物的SPECS庫(kù)，超過(guò)1億個(gè)可購(gòu)買(mǎi)化合物的ZINC庫(kù)）中迅速篩選出有潛在活性的藥物分子，陽(yáng)性率一般在5%~20%。
還可提供特定數(shù)據(jù)庫(kù)的處理等服務(wù)。
力學(xué)模擬.jpg "A202-分子動(dòng)力學(xué)模擬")
分子動(dòng)力學(xué)模擬
Molecular Dynamics，MD，服務(wù)內(nèi)容：
常規(guī)分子動(dòng)力學(xué)模擬：
研究配體-受體復(fù)合物體系的相互作用機(jī)制：相互作用模式、誘導(dǎo)契合效應(yīng)、蛋白骨架運(yùn)動(dòng)；
預(yù)測(cè)活性小分子的結(jié)合自由能（從而預(yù)測(cè)Ki、IC50），闡明機(jī)理或指導(dǎo)結(jié)構(gòu)改造；
優(yōu)化蛋白結(jié)構(gòu)，如對(duì)同源模建得到的結(jié)構(gòu)進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè).jpg "A202-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)")
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)（同源模建）
同源模建的基本流程為：
序列搜索（query），獲得已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白作為模板蛋白；多重序列比對(duì)（multiple sequence alignment），確定同源蛋白的結(jié)構(gòu)保守區(qū)（SCRs）和相應(yīng)的框架結(jié)構(gòu)（framework）；構(gòu)建目標(biāo)蛋白的三維結(jié)構(gòu)，包括主鏈、側(cè)鏈和環(huán)區(qū)建模，通常采用拷貝骨架、構(gòu)建側(cè)鏈、補(bǔ)全缺失殘基和優(yōu)化環(huán)區(qū)等方法（通常需要反復(fù)調(diào)試）；能量最小化（energy minimization）（通常是反復(fù)迭代的過(guò)程）； 結(jié)構(gòu)合理性評(píng)估（evaluation）。