About company
三摩爾工作室
三摩爾工作室，主要從事生物進化與分子系統(tǒng)發(fā)育相關工作。工作室創(chuàng)始人張東，來自中國科學院水生生物研究所，長期從事基于線粒體基因組的分子系統(tǒng)發(fā)育研究。
線粒體是真核生物細胞中能執(zhí)行呼吸機能的一個相對獨立的細胞器，線粒體DNA(mtDNA)基因組從它的形成開始，就伴隨核基因組DNA共同進化，在線粒體基因組中記載著生物從單細胞到多細胞、從低等到高等進化過程中豐富的歷史信息，通過對線粒體基因組DNA的分析比較，亦可了解到生物為適應環(huán)境其線粒體基因組在進化過程中受到的選擇壓力情況。
動物線粒體基因組因其母系遺傳、無重組、無內含子、嚴格的直系同源基因以及信息豐富等特點被廣泛應用于系統(tǒng)分類（systematic classification）、生物地理學（biogeography）、動物條形碼（animal barcoding）、比較基因組學（comparative genomics）等研究中。
工作室負責人簡介：張東，2015.9-至今，在中科院水生所攻讀碩博連讀，專業(yè)為水生生物學，研究對象為魚類寄生蟲，所開展的研究為基于線粒體基因組的魚類寄生蟲系統(tǒng)發(fā)育研究。期間以第一作者身份發(fā)表SCI論文12篇（累計影響因子43）。
聚生物推薦技術
系統(tǒng)發(fā)育分析
基于分子序列（核苷酸、氨基酸等），采用最先進的建樹方法，推斷生物實體（基因、個體、種群、物種和種上階元）的起源和演化關系。
本團隊還開發(fā)了一款適用于生物數(shù)據管理以及系統(tǒng)發(fā)育分析流程化的分析系統(tǒng)（PhyloSuite），該軟件承包了從分子序列獲得到系統(tǒng)發(fā)育樹美化的所有工作，極大地提高了工作效率。
選擇壓力分析
利用PAML以及HYPHY（或datamonkey）等軟件進行選擇壓力分析，包括計算正選擇位點和枝位點，以及比較不同類群、基因受到的選擇壓力情況。
利用I-TASSER等軟件預測蛋白基因的3D結構，并用PYMOL軟件可視化蛋白質結構和正選擇位點。利用PredictProtein網站預測蛋白基因各個位點的結構和功能。
線粒體基因組全套分析
線粒體基因組文章中的所有常規(guī)分析：基因組常規(guī)統(tǒng)計、tRNA二級結構圖、線粒體基因組圈圖、密碼子偏倚分析（RSCU、ENC和CAI等）、非編碼區(qū)重復序列分析、滑窗分析、蛋白編碼基因進化速率分析、基因順序可視化及祖先狀態(tài)重建。
線粒體系統(tǒng)基因組學及相關統(tǒng)計作圖（點圖、線形圖和熱圖等）。
定性.png "A311-內參穩(wěn)定性")
內參穩(wěn)定性分析
實時熒光定量PCR(real-time quantitative PCR)/QRT-PCR，分為絕對定量和相對定量，在進行相對定量分析時需要用內參基因對目的基因進行數(shù)據校正，才能獲得精確的結果，所以我們首先必須從眾多的內參基因中篩選出穩(wěn)定的內參基因，利用geNorm、NormFinder和BestKeeper通過程序分析，可最終獲得較為穩(wěn)定的內參基因。
論文文章撰寫以及潤色
可提供對轉錄組、蛋白組、代謝組數(shù)據的解讀篩選，幫助客戶更快聚焦目的基因，探索生物學奧秘。
編輯為海外外籍專家，語言能力：英語 （精通）， 漢語 （中級）， 德語 （基層）等。
軟件資源
本工作室開發(fā)了一款適用于生物數(shù)據管理以及系統(tǒng)發(fā)育分析流程化的分析系統(tǒng)——PhyloSuite，已應用于多篇SCI科學論文。
PhyloSuite詳情，可點此鏈接了解：PhyloSuite
掃描右側二維碼，了解軟件使用案例并可獲得下載地址，免費使用。
PhyloSuite，請關注可下載
案例展示
1. ciccular
Zhang D, Li WX, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Wang GT. 2018. Mitochondrial genomes of two diplectanids (Platyhelminthes: Monogenea) expose paraphyly of the order Dactylogyridea and extensive tRNA gene rearrangements. Parasit Vectors. 11: 601. doi: 10.1186/s13071-018-3144-6. – Fig. 1
https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-018-3144-6
2. line_point
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. –Fig. 1
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3?
3. phylogeny
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Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 6
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3?
4.?tRNAs
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Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 3
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3?
5. AA_usage
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Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 2
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3?
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Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 5
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3?
7. Stacking bar 堆積條形圖
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Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 5
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3?
8.?GO_tree
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基因順序構建系統(tǒng)發(fā)育樹
Zhang D, Li WX, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovli? I, Zhang J, Chen R, Wang GT. 2019. Homoplasy or plesiomorphy? Reconstruction of the evolutionary history of mitochondrial gene order rearrangements in the subphylum Neodermata. Int J Parasitol. 49: 819-829. doi: 10.1016/j.ijpara.2019.05.010. – Fig. 2
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020751919301900?
9. gene order
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Zhang D, Li WX, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovli? I, Zhang J, Chen R, Wang GT. 2019. Homoplasy or plesiomorphy? Reconstruction of the evolutionary history of mitochondrial gene order rearrangements in the subphylum Neodermata. Int J Parasitol. 49: 819-829. doi: 10.1016/j.ijpara.2019.05.010. – Fig. 4
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020751919301900?
10.?NCR
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Zhang D, Zou H, Jakovli? I, Wu SG, Li M, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2019. Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences. 20: 4214. doi: 10.3390/ijms20174214. – Figure 2
11.?heatmap
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Zhang D, Zou H, Jakovli? I, Wu SG, Li M, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2019. Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences. 20: 4214. doi: 10.3390/ijms20174214. – Figure 4
12.?compare_table
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表格比較
Zhang D, Zou H, Jakovli? I, Wu SG, Li M, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2019. Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences. 20: 4214. doi: 10.3390/ijms20174214. – Table 1
