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張東，中科院水生所博士，碩博連讀期間專業(yè)為水生生物學(xué)，研究對象為魚類寄生蟲，所開展的研究為基于線粒體基因組的魚類寄生蟲系統(tǒng)發(fā)育研究。

在校期間獲得如下獎勵，2016年5月獲中科院研究生獎學(xué)金一等獎；2017年5月獲中國科學(xué)院大學(xué)三好學(xué)生榮譽稱號；2017年10月獲博士研究生國家獎學(xué)金；2018年5月獲中國科學(xué)院大學(xué)三好學(xué)生榮譽稱號；2019年5月獲中國科學(xué)院大學(xué)三好學(xué)生標(biāo)兵榮譽稱號；2019年5月獲中科院研究生獎學(xué)金二等獎；2019年6月中國科學(xué)院院長獎學(xué)金；2019年11月獲博士研究生國家獎學(xué)金。

期間以第一作者身份發(fā)表SCI論文12篇（累計影響因子43），并開發(fā)了一款適用于生物數(shù)據(jù)管理以及系統(tǒng)發(fā)育分析流程化的界面軟件PhyloSuite。

專業(yè)技能

專業(yè)相關(guān)：系統(tǒng)發(fā)育分析，選擇壓力分析，線粒體基因組分析，Python編程，生物信息學(xué)分析等。

分析軟件：熟悉Linux、Mac OS X和Windows三大操作系統(tǒng)以及Python (熟練)、Qt、R、HTML5和CSS等編程語言，并開發(fā)了一個高效的比較細(xì)胞器基因組及系統(tǒng)發(fā)育分析平臺（PhyloSuite，https://dongzhang0725.github.io/），還搭建了農(nóng)業(yè)部淡水養(yǎng)殖病害防治重點實驗室網(wǎng)站（http://fdlab.ihb.ac.cn/）；熟練掌握分子生物學(xué)和系統(tǒng)進(jìn)化分析軟件（Geneious、MrBayes和IQ-TREE等）、Office全套軟件、圖形處理軟件（PS，AI，CorelDRAW等）、統(tǒng)計軟件（SPSS、R）、文獻(xiàn)管理軟件（EndNote）等。

語言文字：能夠熟練查閱中英文文獻(xiàn)資料，通過近十篇論文的寫作和發(fā)表，大幅度提高了自己科技英語運用水平；同時也具有較強(qiáng)的項目申請和各種考核或結(jié)題報告撰寫的能力。

主要工作內(nèi)容

（1）工欲善其事必先利其器，針對現(xiàn)有的比較細(xì)胞器基因組以及系統(tǒng)發(fā)育分析工作操作復(fù)雜、效率低等問題，開發(fā)了一個可以極大提高效率的分析平臺——PhyloSuite。該平臺最大的亮點在于①批量、多核以及流程化操作讓（細(xì)胞器）基因組、轉(zhuǎn)錄組等大數(shù)據(jù)的分析變得簡單高效；②支持大尺度范圍內(nèi)細(xì)胞器基因組的薈萃分析（Meta-analysis）。

（2）針對單殖吸蟲的分類爭議問題，運用多種手段獲取了15種單殖吸蟲的線粒體基因組全序列，然后通過比較線粒體基因組學(xué)方法挖掘了單殖吸蟲線粒體基因組的特殊進(jìn)化特征；還利用線粒體系統(tǒng)基因組學(xué)方法探討了一些具有爭議的單殖吸蟲目、科、亞科之間的關(guān)系；同時利用選擇壓力分析找到了錨首蟲由體外轉(zhuǎn)為體內(nèi)寄生可能發(fā)生的線粒體基因組適應(yīng)性改變。

（3）其他工作：利用薈萃分析方法推導(dǎo)出新皮動物亞門的祖先基因順序，并報道了等足目核苷酸偏倚的趨同進(jìn)化現(xiàn)象及其引起的長枝吸引問題；還參與過渦蟲、復(fù)殖吸蟲、絳蟲、線蟲、棘頭蟲、軟體動物、原生動物（纖毛蟲）、甲殼類動物等的線粒體基因組的解析及系統(tǒng)發(fā)育分析。

主要參與項目

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專業(yè)學(xué)習(xí)方面

參與編寫科普圖書《淡水魚類重要寄生蟲病診斷手冊》。

參加中國國際寄生蟲學(xué)學(xué)術(shù)研討會、中國水產(chǎn)學(xué)會魚病學(xué)學(xué)術(shù)研討會等并報告了研究成果。

曾2次擔(dān)任JCR一區(qū)期刊Parasites & Vectors的審稿人。

科研論文：

自本科畢業(yè)后6年期間，總共發(fā)表28篇SCI論文。一作文章（包括一篇共同一作和一篇導(dǎo)師一作）共有12篇，累計IF5y達(dá)到43，其中6篇屬于JCR一區(qū)。最突出的一項工作是開發(fā)了一個簡單高效的比較細(xì)胞器基因組及系統(tǒng)發(fā)育分析平臺，該平臺得到了國內(nèi)外同行的認(rèn)可，目前已被引用25次。利用該平臺，我們的其他工作也發(fā)表在《Genome Biology and Evolution》、《BMC Genomics》、《BMC Evolutionary Biology》、《International Journal for Parasitology》、《International Journal of Biological Macromolecules》、《Parasites & Vectors》、《International Journal of Molecular Sciences》和《Genes》等主流專業(yè)雜志上。

1. 1. Zhang, D., F. Gao, I. Jakovli?, H. Zou, J. Zhang, W.X. Li, and G.T. Wang, PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies. Molecular Ecology Resources, 2019: p. Doi: 10.1111/1755‐0998.13096. DOI: 10.1101/489088. (IF5Y=7.208)
2. 2. Zhang, D., H. Zou, C.-J. Hua, W.-X. Li, S. Mahboob, K.A. Al-Ghanim, F. Al-Misned, I. Jakovli?, and G.-T. Wang, Mitochondrial architecture rearrangements produce asymmetrical nonadaptive mutational pressures that subvert the phylogenetic reconstruction in Isopoda. Genome Biology and Evolution, 2019. 11(7): p. 1797-1812. DOI: 10.1093/gbe/evz121. (IF5Y=4.019)
3. 3. Zhang, D., W.X. Li, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovli?, J. Zhang, R. Chen, and G.T. Wang, Homoplasy or plesiomorphy? Reconstruction of the evolutionary history of mitochondrial gene order rearrangements in the subphylum Neodermata. International Journal for Parasitology, 2019. 49(10): p. 819-829. DOI: 10.1016/j.ijpara.2019.05.010. (IF5Y=3.864)
4. 4. Zhang, D., W.X. Li, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, and G.T. Wang, Mitochondrial genomes and 28S rDNA contradict the proposed obsoletion of the order Tetraonchidea (Platyhelminthes: Monogenea). International Journal of Biological Macromolecules, 2019: p. In press. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2019.09.150. (IF5Y=4.731)
5. 5. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, W.X. Li, and G.T. Wang, Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evolutionary Biology, 2018. 18(1): p. 133. DOI: 10.1186/s12862-018-1249-3. (IF5Y=3.559)
6. 6. Zhang, D., H. Zou, I. Jakovli?, S.G. Wu, M. Li, J. Zhang, R. Chen, W.X. Li, and G.T. Wang, Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences, 2019. 20(17): p. 4214. DOI: 10.3390/ijms20174214. (IF5Y=4.331)
7. 7. Zhang, D., W.X. Li, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, and G.T. Wang, Mitochondrial genomes of two diplectanids (Platyhelminthes: Monogenea) expose paraphyly of the order Dactylogyridea and extensive tRNA gene rearrangements. Parasites & Vectors, 2018. 11(1): p. 601. DOI: 10.1186/s13071-018-3144-6. (IF5Y=3.342)
8. 8. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovli?, J. Zhang, R. Chen, W.X. Li, and G.T. Wang, Evidence for Adaptive Selection in the Mitogenome of a Mesoparasitic Monogenean Flatworm Enterogyrus malmbergi. Genes, 2019. 10(11): p. 863. DOI: 10.3390/genes10110863. (IF5Y=3.484)
9. 9. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovli?, J. Zhang, R. Chen, G.T. Wang, and W.X. Li, Sequencing of the complete mitochondrial genome of a fish-parasitic flatworm Paratetraonchoides inermis (Platyhelminthes: Monogenea): tRNA gene arrangement reshuffling and implications for phylogeny. Parasites & Vectors, 2017. 10(1): p. 462. DOI: 10.1186/s13071-017-2404-1. (IF5Y=3.342)
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11. 11. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, G.T. Wang, and W.X. Li, Sequencing, characterization and phylogenomics of the complete mitochondrial genome of Dactylogyrus lamellatus (Monogenea: Dactylogyridae). Journal of Helminthology, 2017. 92: p. 455-466. DOI: 10.1017/S0022149X17000578. (IF5Y=1.408)
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