1.CATCH-IT

CATCH-IT是一種測量全基因組核小體轉(zhuǎn)換動(dòng)力學(xué)的直接方法?（Deal et al。，2010）。在該方法中，用甲硫氨酸替代物疊氮高丙氨酸（Aha）簡單處理細(xì)胞，其將生物素與含有新?lián)饺氲慕M蛋白的核小體偶聯(lián)。標(biāo)記的染色質(zhì)用鏈霉抗生物素蛋白進(jìn)行親和純化，嚴(yán)格洗滌以除去非組蛋白，并使用平鋪微陣列進(jìn)行分析。

好處：

可以確定整個(gè)基因組中核小體轉(zhuǎn)換的差異

缺點(diǎn)：

潛在的人工制品

2.ChIP-Seq/HT-ChIP/ChIP-exo/Mint-ChIP

染色質(zhì)免疫沉淀測序/高通量ChIP /核酸外切酶修剪ChIP /多重ChIP

ChIP-Seq是一種成熟的方法來繪制特定的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)?（Solomon等，1988）。它產(chǎn)生了大量的衍生物，如AHT-ChIP-Seq?（Aldridge等，2013），BisChIP-Seq?（Statham等，2012），CAST-ChIP（Schauer等，2013）。，芯片BMS?（Li等人。，2011），芯片BS-SEQ?（Brinkman等人，2012），ChIPmentation?（的Schmidl等人，2015）?，刪除片?（Rotem公司等人，2015）?，薄荷-ChIP?（van Galen等，2016），PAT_ChIP?（Fanelli等，2011），reChIP-seq?（Truax等，2012），scChIP-seq（Rotem等，2015）和X-ChIP?（Skene等，2014）。順序ChIP-seq（reChIP）也可以顯示染色質(zhì)上不同蛋白質(zhì)的關(guān)聯(lián)?（Elsasser等，2015）。在該方法中，DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物在體內(nèi)交聯(lián)。接下來，將樣品片段化并用外切核酸酶處理以修剪未結(jié)合的寡核苷酸。蛋白質(zhì)特異性抗體用于免疫沉淀DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。提取，純化和測序DNA，得到蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)的高分辨率序列。

好處：

蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)的堿基對分辨率

可以繪制特定的調(diào)節(jié)因子或蛋白質(zhì)

外切核酸酶的使用消除了未結(jié)合DNA的污染?（Zentner等，2012）

缺點(diǎn)：

非特異性抗體可稀釋感興趣的DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物庫

目標(biāo)蛋白必須是已知的并且能夠產(chǎn)生抗體

3.HITS-FLIP

采用熒光配體相互作用分析的高通量測序

HiTS-FLIP是一種在前所未有的深度測量定量蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合親和力的技術(shù)。在該方法中，內(nèi)置于高通量測序儀中的光學(xué)器件用于可視化蛋白質(zhì)與流動(dòng)細(xì)胞中測序的DNA的體外結(jié)合?（Nutiu等人，2011）。

通過合成對具有錨定的單鏈DNA的微流體流動(dòng)細(xì)胞進(jìn)行測序。剝離第二鏈DNA并使用Klenow聚合酶和未修飾的dNTP重建以形成雙鏈DNA簇。以不同濃度引入熒光標(biāo)記的結(jié)合蛋白，并對結(jié)合進(jìn)行成像。

好處：

量化和全面

缺點(diǎn)：

需要專門的硬件

尚未被科學(xué)界廣泛采用

4.Chem-seq

識(shí)別被小化學(xué)分子束縛的位點(diǎn)

Chem-seq可用于檢測小分子配體（如治療藥物）與基因組相關(guān)蛋白的結(jié)合。該信息可以提供關(guān)于小分子藥物對細(xì)胞功能的擾動(dòng)的重要見解?（Anders等，2014）。

Chem-seq方法使用2種方法。在活細(xì)胞中，添加生物素化的藥物以允許藥物 - 靶標(biāo)結(jié)合。將復(fù)合物與甲醛交聯(lián)，將細(xì)胞裂解并超聲處理，并將復(fù)合物捕獲在鏈霉抗生物素蛋白珠上。將富集的DNA片段純化并測序。對于體外分析，將生物素化的藥物加入細(xì)胞提取物中，并按照體內(nèi)方法進(jìn)行剩余的步驟。

好處：

可應(yīng)用于生命，人體細(xì)胞

缺點(diǎn)：

創(chuàng)建生物素衍生物可能會(huì)改變藥物活性

5.FAIRE-seq/Sono-Seq

甲醛輔助分離調(diào)節(jié)元件/交聯(lián)染色質(zhì)的超聲處理

FAIRE-seq?（Giresi等，2009）?（Hogan等，2006）?和Sono-Seq?（Auerbach等，2009）?基于DNA和核小體或序列特異性DNA結(jié)合蛋白之間交聯(lián)效率的差異。 。在該方法中，使用甲醛在體內(nèi)簡單地交聯(lián)DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。然后將樣品裂解并超聲處理。苯酚提取后，純化水相中的DNA并測序。測序提供了未被組蛋白占據(jù)的DNA區(qū)域的信息。

好處：

簡單且高度可重復(fù)的協(xié)議

不需要抗體

不需要酶，如DNase或MNase，避免酶處理所需的優(yōu)化和額外步驟

不需要單細(xì)胞懸液或核分離，因此很容易適用于組織樣本?（Simon et al。，2012）

缺點(diǎn)：

無法識(shí)別與DNA結(jié)合的調(diào)節(jié)蛋白

DNase-Seq可能更好地鑒定高表達(dá)基因的核小體缺失啟動(dòng)子?（Song et al。，2011）