1.ATAC-SEQ

轉(zhuǎn)座酶 – 可及的染色質(zhì)測序/ ATAC-seq的測定針對血細(xì)胞進(jìn)行了優(yōu)化

ATAC-Seq使用Tn5轉(zhuǎn)座體檢測基因組的無核小體區(qū)域?（Buenrostro等，2013）。該方法是常用的，并且優(yōu)化的方案可用于組織，例如血液（Fast-ATAC）?（Corces等人，2016），神經(jīng)元?（Milani等人，2016），生物樣本標(biāo)本?（Scharer等人，2016）。 ）和單細(xì)胞（scATAC-seq?（Buenrostro等，2015）和單細(xì)胞ATAC-seq?（Cusanovich等，2015））。

在該方法中，將gDNA與Tn5轉(zhuǎn)座體一起溫育，其在開放的染色質(zhì)區(qū)域中將其片段化并同時(shí)添加銜接子。純化區(qū)域的深度測序提供了基因組中無核小體區(qū)域的堿基對分辨率。

好處：

兩步方案，無適配子連接步驟，凝膠純化或交聯(lián)反轉(zhuǎn)

與FAIRE-Seq相比，信噪比高

缺點(diǎn)：

在機(jī)械樣品處理過程中，結(jié)合的染色質(zhì)區(qū)域可能會(huì)打開并被轉(zhuǎn)座組標(biāo)記

只有一半的分子含有PCR擴(kuò)增所需方向的銜接子

適配子位點(diǎn)之間的距離可能不是PCR擴(kuò)增的選擇?（Sos et al。，2016）

2.CHIA-PET

配對末端標(biāo)簽測序的染色質(zhì)相互作用分析

ChIA-PET具有免疫沉淀步驟以繪制長程DNA相互作用，類似于Hi-C?（Li等人，2010）?（Fullwood等人，2009）。在該方法中，DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物被交聯(lián)和片段化。特異性抗體用于免疫沉淀目的蛋白質(zhì)。將具有獨(dú)特條形碼的兩組接頭以分開的等分試樣連接到DNA片段的末端，然后基于接近度自連接。沉淀DNA等分試樣，用限制酶消化，并測序。深度測序提供了連接片段的堿基對分辨率。Hi-C和ChIA-PET目前在人類基因組中提供較好的分辨率平衡和合理的覆蓋率，以繪制遠(yuǎn)距離相互作用（Dekker等，2013）。

Tang等人（Tang等人，2015）發(fā)表了一種改進(jìn)的方案，稱為高級或長讀取ChIA-PET?。該方法用2個(gè)半接頭和單個(gè)生物素化的接頭連接取代2個(gè)單獨(dú)的連接反應(yīng)。接下來，將去交聯(lián)的純化的DNA片段化，并使用Tn5轉(zhuǎn)座酶在一個(gè)步驟中連接銜接子。最后，對DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增和測序?（Sati et al。，2016）

好處：

適用于全球檢測大量長程和短程染色質(zhì)相互作用?（Sajan等，2012）

研究特定蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)復(fù)合物的相互作用

公共ChIA-PET數(shù)據(jù)集可通過ENCODE項(xiàng)目獲得?（Consortium等，2011）

去除傳統(tǒng)ChIP分析過程中產(chǎn)生的背景

免疫沉淀步驟降低了數(shù)據(jù)復(fù)雜性

缺點(diǎn)：

需要大量原料，通常至少1億個(gè)細(xì)胞?（Mumbach等，2016）

非特異性抗體可以降低不需要的蛋白質(zhì)復(fù)合物并污染池

連接子可以自我連接，產(chǎn)生關(guān)于真正DNA相互作用的模糊性

靈敏度有限;?可以檢測到少至10％的相互作用

3.3-C

染色質(zhì)構(gòu)象捕獲測序

3C-Seq?（Duan等人，2012），Capture-C和Hi-C?（Lieberman-Aiden等人，2009）?包括用于分析染色質(zhì)相互作用的一系列方法。Capture-C使用磁珠將生物素化片段的額外下拉添加到3C方法中?？梢允褂肅apture-C方法（NG Capture-C）的新改進(jìn)?（Davies等，2016）。Hi-C方法將3C-Seq擴(kuò)展到全基因組染色質(zhì)接觸圖，并且它也已應(yīng)用于原位染色質(zhì)相互作用的研究（Sati等，2016）?（Rao等，2014）。

在該方法中，DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物與甲醛交聯(lián)。將樣品片段化，并用限制酶提取，連接和消化DNA。對得到的DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增和測序。深度測序提供了連接片段的堿基對分辨率。

好處：

允許檢測遠(yuǎn)距離DNA相互作用

高通量方法

缺點(diǎn)：

檢測可能是由隨機(jī)染色體碰撞引起的

不到1％的DNA片段實(shí)際上產(chǎn)生了連接產(chǎn)物?（Bourgo等，2016）

由于多個(gè)步驟，該方法需要大量的起始材料

4.4C-seq

圓形染色質(zhì)構(gòu)象捕獲

4C?（Zhao等人，2006），（Simonis等人，2006），也稱為4C-seq，是類似于3C的方法，有時(shí)稱為圓形3C。它允許無偏見地檢測與特定感興趣區(qū)域相互作用的所有基因組區(qū)域（Sajan等，2012）。在該方法中，使用甲醛交聯(lián)DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。將樣品破碎，連接并消化DNA。得到的DNA片段自我環(huán)化，然后進(jìn)行反向PCR和測序。深度測序提供了連接片段的堿基對分辨率。

好處：

評估各個(gè)基因組位點(diǎn)的DNA接觸譜的優(yōu)選策略

高度可重復(fù)的數(shù)據(jù)

缺點(diǎn)：

將錯(cuò)過感興趣區(qū)域的本地交互（<50 kb）

大圓圈不能有效放大

5.5C

染色質(zhì)構(gòu)象捕獲碳復(fù)制

5C?（Dostie等人，2007）?允許同時(shí)確定多個(gè)序列之間的相互作用，并且是3C的高通量版本?（Sajan等人，2012）。在該方法中，使用甲醛交聯(lián)DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。將樣品片段化并連接DNA并用限制酶消化。使用連接介導(dǎo)的PCR擴(kuò)增得到的DNA片段并測序。深度測序提供了連接片段的堿基對分辨率。

好處：

與4C不同，5C為許多對站點(diǎn)提供了交互頻率矩陣?（de Wit et al。，2012）

可用于重建較大基因組區(qū)域的（平均）3D構(gòu)象

缺點(diǎn)：

需要監(jiān)管站點(diǎn)的先驗(yàn)信息?（Sati et al。，2016）

檢測可能不一定意味著由隨機(jī)染色體碰撞引起的相互作用

無法擴(kuò)展到需要大量引物的全基因組研究