1.PB_seq

蛋白質(zhì)/ DNA結(jié)合后跟隨高通量測序

PB_seq是一種DNA結(jié)合分析，可以在沒有染色質(zhì)的情況下在全基因組范圍內(nèi)表征DNA蛋白結(jié)合能量景觀?（Guertin等，2012）。它屬于通常通過指數(shù)富集（SELEX）系統(tǒng)進(jìn)化配體的方法家族?（Ozer等，2014）。對基因組DNA進(jìn)行超聲處理，大小選擇和純化。在與DNA結(jié)合蛋白雜交后，分離，提取蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA并制備用于測序。

好處：

確定與染色質(zhì)結(jié)構(gòu)無關(guān)的結(jié)合效率

缺點：

尚未被科學(xué)界廣泛采用

2.Pu-seq

聚合酶使用測序

Pu-seq提供直接的復(fù)制起源位置和效率數(shù)據(jù)，以及復(fù)制時間的間接估計?（Daigaku等，2015）。

含有雙鏈核糖核苷酸的DNA的堿處理導(dǎo)致磷酸骨架對核糖的裂解3'，產(chǎn)生5'羥基末端。如果變性DNA用作隨機(jī)六聚體引物延伸的模板，則5ê至3ê合成導(dǎo)致鄰近初始核糖的齊平末端。通過從單鏈DNA產(chǎn)生文庫并在每個末端放置不同的索引引物，可以將測序讀數(shù)定位到單個鏈，以確定具有單堿基準(zhǔn)確度的原始核糖核苷酸位置。

好處：

單基準(zhǔn)確度

缺點：

僅適用于酵母

3.SELEX or SELEX-seq / HT-SELEX

通過指數(shù)富集的指數(shù)富集/高通量配體系統(tǒng)演化的配體的系統(tǒng)演化

自1990年3個獨立小組描述第一次SELEX實驗時?（Ellington等，1990）?（Tuerk等，1990）（Sullenger等，1990），該方法適用于廣泛的范圍技術(shù)?（Chen et al。，2016）?（Takahashi et al。，2016）。為NGS開發(fā)了一種高度多路復(fù)用的并行HT-SELEX方法?（Jolma等，2010）。SELEX-seq的變體?（Slattery等，2011）?使用Nextera銜接子序列進(jìn)行有效的文庫制備?（Zhang等，2016）。

在該方法中，蛋白質(zhì)表達(dá)為與pD40htSELEX表達(dá)載體中與高斯熒光素酶綴合的鏈霉抗生物素蛋白結(jié)合肽（SBP）的融合體。每個DNA配體含有14bp隨機(jī)區(qū)域（14N）和5bp條形碼，其單一地識別單個SELEX樣品。部分嵌套的引物用于連續(xù)的SELEX輪次。將含有所有可能的14bp序列的雙鏈DNA混合物與固定在96孔板的孔中的DNA結(jié)合蛋白一起溫育，導(dǎo)致DNA與蛋白質(zhì)結(jié)合。洗滌和洗脫后，通過PCR擴(kuò)增得到的更具特異性序列的群體并測序?（Caroli等，2016）

好處：

高通量和高效率

軟件管道可用?（Hoinka等，2016）（Caroli等，2016）

缺點：

可能包含序列偏差

4.HITS-FLIP

采用熒光配體相互作用分析的高通量測序

HiTS-FLIP是一種在前所未有的深度測量定量蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合親和力的技術(shù)。在該方法中，內(nèi)置于高通量測序儀中的光學(xué)器件用于可視化蛋白質(zhì)與流動細(xì)胞中測序的DNA的體外結(jié)合?（Nutiu等人，2011）。

通過合成對具有錨定的單鏈DNA的微流體流動細(xì)胞進(jìn)行測序。剝離第二鏈DNA并使用Klenow聚合酶和未修飾的dNTP重建以形成雙鏈DNA簇。以不同濃度引入熒光標(biāo)記的結(jié)合蛋白，并對結(jié)合進(jìn)行成像。

好處：

量化和全面

缺點：

需要專門的硬件

尚未被科學(xué)界廣泛采用