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微生物多樣性測序，又稱擴增子測序，是對特定長度的PCR產(chǎn)物或者捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。16S/18S/ITS等擴增子測序即通過提取環(huán)境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的某一或某幾個區(qū)，使用Illumina MiSeq將目的區(qū)域正反向讀通，通過檢測目的區(qū)域的序列變異和豐度，對環(huán)境樣本物種分類及豐度，種群結(jié)構，系統(tǒng)進化，群落比較等方面信息進行分析的研究方法。

16S rDNA：是細菌分類學研究中常用的“分子鐘”，其序列包含9個可變區(qū)（Variable region）和10個保守區(qū)（Constant region）?？勺儏^(qū)因細菌而異，且變異程度與細菌的系統(tǒng)發(fā)育密切相關。通過檢測16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環(huán)境樣品中群落多樣性信息?；?6S rDNA的分析在微生物分類鑒定，微生態(tài)研究等方面起到重要作用。

18S rDNA測序：18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rDNA的DNA序列，具有9個保守區(qū)域和8個可變區(qū)域，對18S rDNA某個高可變區(qū)進行測序，用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落結(jié)構多樣性。系統(tǒng)發(fā)育研究中較適用于種級以上階元的分類。

ITS測序：ITS（Internal Transcribed Spacer）分為兩個區(qū)域，ITS1和ITS2；ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間；對ITS1或ITS2進行測序，用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結(jié)構多樣性。系統(tǒng)發(fā)育研究中利用它可研究種及種以下的分類階元。