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微生物往往被視為“無處不在，無所不為”的生物，制作重組基因的載體和表達(dá)重組基因的受體也需要微生物。20世紀(jì)90年代后期開始了微生物基因組的研究。這項(xiàng)研究是從對(duì)微生物完整的全基因核苷酸測(cè)序入手，在分析基因結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，認(rèn)識(shí)微生物的完整生物學(xué)功能。 微生物基因組研究具有目標(biāo)明確、相對(duì)投入少、收效快、成果易于轉(zhuǎn)化為產(chǎn)品等許多優(yōu)點(diǎn)。目前大多數(shù)微生物基因組已被國(guó)外學(xué)者報(bào)道，或正在測(cè)序，但還有一些我國(guó)特有的微生物資源，如投入力量進(jìn)行基因組研究，有可能很快獲得高起點(diǎn)的基地。

微生物全基因組測(cè)序是一種繪制新穎生物的基因組、完成已知生物的基因組或比較多個(gè)樣品基因組的重要工具。測(cè)序整個(gè)基因組對(duì)生成準(zhǔn)確的參考基因組很重要，適用于微生物鑒定及其他比較基因組研究。

微生物重測(cè)序能夠快速解析菌株之間的變異信息。利用高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)一個(gè)物種的全基因組進(jìn)行測(cè)序，并與近緣參考基因組進(jìn)行比對(duì)，開發(fā)海量的SNP，InDel等分子標(biāo)記，系統(tǒng)全面的檢測(cè)菌株之間的基因變異信息。同時(shí)還可進(jìn)一步進(jìn)行物種進(jìn)化、種群特征、選擇壓力等深入研究。