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現階段測定蛋白質三維結構的方法主要有 X 射線晶體衍射分析，電鏡三維重構技術以及核磁共振技術。
核磁共振（Nuclear magnetic resonance）是指原子核在外加恒定磁場作用下產生能級分裂，從而對特定頻率的電磁波發(fā)生共振吸收的現象。

核磁共振主要步驟如下：
1. 先準備樣品，濃縮蛋白質的水溶液（0.21－1mM），如果測1H譜需用D代試劑；
2. 將樣品置于外加磁場中，測量共振頻率，計算機通過頻率得出每一對原子；
3. 核的偶合常數和NOE值，計算對應的原子間距離；
4. 最后構建模型。