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氨基酸N端測(cè)序：
目前對(duì)蛋白N端測(cè)序主要分類兩大類，其一為非質(zhì)譜技術(shù)，例如經(jīng)典的Edman降解法；其二為質(zhì)譜技術(shù)。

Edman降解法，基本原理包括通過異硫氰酸苯脂與蛋白質(zhì)或多肽的N-端殘基的偶聯(lián)，苯氨基硫甲酰酞（PTC-肽）環(huán)化裂解，和噻唑呤酮苯氨（ATZ）轉(zhuǎn)化為苯異硫尿氨基酸（PTH-氨基酸）三個(gè)主要化學(xué)步驟，每個(gè)循環(huán)從蛋白質(zhì)或多肽裂解一個(gè)氨基酸殘基，同時(shí)暴露出新的氨基酸進(jìn)行下一個(gè)Edman降解，最后用HPLC法鑒定PTH-氨基酸，實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)序列的測(cè)定。

質(zhì)譜測(cè)序原理是將蛋白質(zhì)經(jīng)胰蛋白酶酶切后，直接用串聯(lián)質(zhì)譜測(cè)定酶切肽段混合物，然后通過一級(jí)質(zhì)譜選擇N端肽段離子進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析而得到N端序列。能夠?qū)旌系鞍住⒛┒朔忾]或糖基化的蛋白質(zhì)進(jìn)行測(cè)序。

氨基酸C端測(cè)序：
蛋白質(zhì)C端測(cè)序3種方法：羧肽酶法、化學(xué)法及串聯(lián)質(zhì)譜法。目前，使用較多的是利用串聯(lián)質(zhì)譜法，其原理為利用蛋白質(zhì)在質(zhì)譜中會(huì)有規(guī)律的破碎，獲得蛋白質(zhì)肽段的碎片，分析圖譜得到蛋白質(zhì)的C-端序列。

羧肽酶是一種從蛋白質(zhì)C端開始逐個(gè)釋放氨基酸殘基的外切酶。羧肽酶的原理就是通過檢測(cè)羧肽酶逐個(gè)釋放氨基酸的順序來判斷蛋白的C端序列，其中釋放氨基酸的檢測(cè)有兩種：①色譜法-直接檢測(cè)所釋放氨基酸；②質(zhì)譜法-通過測(cè)定蛋白或者多肽原分子量和釋放一個(gè)氨基酸后分子量差值判斷所釋放氨基酸種類，依次類推。
化學(xué)法指蛋白質(zhì)或多肽與化學(xué)試劑反應(yīng)后，專一性的裂解并檢測(cè)C端氨基酸的方法，主要有（異）硫氰酸法和過氟酸酐法。

串聯(lián)質(zhì)譜法是重要檢測(cè)工具，不需要借助專用于C端分析的羧肽酶酶切及化學(xué)裂解，僅用最常用的胰蛋白酶酶切，結(jié)合串聯(lián)質(zhì)譜法也能夠測(cè)定蛋白的C端序列。