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技術(shù)特邀責(zé)編團(tuán)企
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轉(zhuǎn)導(dǎo)生物實(shí)驗(yàn)室
你身邊的DNA操作技術(shù)團(tuán)隊(duì)
轉(zhuǎn)導(dǎo)生物深耕分子生物學(xué)技術(shù)十二載，是國(guó)內(nèi)極具信譽(yù)的DNA操作技術(shù)團(tuán)隊(duì)，堅(jiān)信再普通的技術(shù)做到極致也能有自己的品牌。轉(zhuǎn)導(dǎo)生物拓展RACE技術(shù)應(yīng)用，訂單量、完成率、正確率、保真性在生物技術(shù)領(lǐng)域處于領(lǐng)先地位。每年10000+RACE序列擴(kuò)增訂單，為其積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)，配合組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘結(jié)果，大幅度提升RACE方法獲取目的基因的速度與準(zhǔn)度。轉(zhuǎn)導(dǎo)生物實(shí)驗(yàn)室作為國(guó)內(nèi)RACE技術(shù)領(lǐng)域的翹楚，聚生物特邀其作為RACE聚透技術(shù)板塊的責(zé)編團(tuán)企。
技術(shù)概述
葉綠體是植物細(xì)胞內(nèi)最重要、最普遍的質(zhì)體，是進(jìn)行光合作用的關(guān)鍵場(chǎng)所。葉綠體基因組結(jié)構(gòu)與序列信息在揭示物種起源、進(jìn)化演變及不同物種的親緣關(guān)系等方面具有重要價(jià)值。同時(shí)，葉綠體轉(zhuǎn)化技術(shù)在遺傳改良、生物制劑的生產(chǎn)等方面顯示出巨大潛力，而葉綠體基因組結(jié)構(gòu)和序列分析則是葉綠體轉(zhuǎn)化的基石。傳統(tǒng)上植物葉綠體基因組的獲取，利用葉綠體基因組保守序列設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，未知序列擴(kuò)增以及長(zhǎng)PCR擴(kuò)增，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行 一代 測(cè)序，最終拼接、組裝得到完整的葉綠體基因組。但是耗時(shí)較長(zhǎng)，隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展，測(cè)序手段不斷更新，近年來(lái)很多科學(xué)工作者熱衷于采用高通量測(cè)序，先分離葉綠體再提取cpDNA，選取合適的葉綠體參考基因組，然后使用SOAPdenovo 短序列軟件對(duì)這些序列組裝，最終得到完整的葉綠體基因組，但不是所有物種都適用于此方法，高等植物葉片往往含有較高含量的色素及單寧類(lèi)物質(zhì)，使得其葉綠體分離及 cpDNA 的提取較為困難。
（轉(zhuǎn)導(dǎo)生物編輯）
技術(shù)詳情
葉綠體基因組DNA一般為雙鏈環(huán)狀分子，極少數(shù)為線狀。葉綠體基因組的結(jié)構(gòu)非常保守，有以下3個(gè)特點(diǎn)：
1.一般含有四部分：短單拷貝序列（short single copy，SSC）,長(zhǎng)單拷貝序列（long single copy，LSC）,反向重復(fù)序列IRA和IRB。
2.大部分IRA和IRB長(zhǎng)各10-24Kb，編碼相同，方向相反。
3.葉綠體DNA(cpDNA)啟動(dòng)子和原核生物的相似，有的基因產(chǎn)生單順?lè)醋拥膍RNA，有的為多順?lè)醋觤RNA。
在漫長(zhǎng)的演變進(jìn)化過(guò)程中，這幾個(gè)部分的結(jié)構(gòu) 順序保持不變，不同物種葉綠體基因組之間的差異 主要表現(xiàn)在IR區(qū)域的長(zhǎng)度和方向變化上.
為此，我們可根據(jù)實(shí)際情況對(duì)目的物種進(jìn)行總DNA提取，或者進(jìn)行cpDNA提取，根據(jù)提供的分類(lèi)地位信息，檢索可參考的線粒體全長(zhǎng)序列，設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物進(jìn)行PCR釣取、未知序列擴(kuò)增以及長(zhǎng)PCR擴(kuò)增；高通量測(cè)序與一代Sanger測(cè)序相結(jié)合以獲取葉綠體基因組全序列。
2. 作為遺傳載體用于植物轉(zhuǎn)基因；
3. 植物種群遺傳和分子系統(tǒng)發(fā)育研究。
基因組注釋?zhuān)蚪M快速上傳NCBI，制作環(huán)形圖，重復(fù)序列分析（串聯(lián)重復(fù)序列（tandem repeat sequences）和散在重復(fù)序列（dispersed repeats）），密碼子偏好性分析，系統(tǒng)發(fā)育分析等。
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上海-派森諾生物
葉綠體DNA測(cè)序完，不知道怎么處理，一堆得數(shù)據(jù)，