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簡化基因組測序
(Reduced-Representation Genome Sequencing，RRGS)

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技術(shù)待認(rèn)領(lǐng)

技術(shù)概述

簡化基因組測序（Reduced-Representation Genome Sequencing，RRGS）是指利用限制性內(nèi)切酶打斷基因組DNA，對特定片段進(jìn)行高通量測序獲得海量遺傳多態(tài)性標(biāo)簽序列來充分代表目標(biāo)物種全基因組信息的測序策略。此方法實(shí)驗(yàn)步驟簡單，成本低，而且可以不依賴參考基因組，就能獲得全基因組范圍內(nèi)的遺傳多態(tài)性標(biāo)簽，因而廣泛應(yīng)用于生態(tài)學(xué)，進(jìn)化學(xué)和基因組學(xué)等領(lǐng)域。

簡化基因組能獲得全基因組范圍內(nèi)有代表性的遺傳多樣性位點(diǎn)，因而廣泛應(yīng)用于群體進(jìn)化、群體結(jié)構(gòu)、種群歷史、遺傳定位和連鎖圖譜的構(gòu)建。

（資料來源：派森諾生物）

技術(shù)詳情

主要的簡化基因組檢測技術(shù)

到目前為止，科學(xué)家已經(jīng)開發(fā)出了多種簡化基因組的技術(shù)。其中，使用得比較多的技術(shù)主要有四種：即經(jīng)典的 RAD、經(jīng)典的 GBS、2bRAD、 ddGBS（也就是ddRAD）。這四種方法的建庫流程見下圖。

（派森諾生物編輯）

SLAF-seq技術(shù)：大規(guī)模基因分型高通量策略

大規(guī)?；蚍中驮谶z傳相關(guān)性研究中起著重要作用，尤其是和高通量測序技術(shù)結(jié)合后，它為基因挖掘帶來了新的機(jī)遇。大規(guī)?；蚍中偷挠行Ы鉀Q方法：SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing），該技術(shù)前期利用生物信息學(xué)方法，對目標(biāo)物種的參考基因組（或已知BAC序列）進(jìn)行系統(tǒng)分析，設(shè)計(jì)標(biāo)記開發(fā)方案，后期根據(jù)前期的方案，構(gòu)建SLAF-seq文庫，篩選特異性長度片段進(jìn)行高通量測序，將獲得測序深度和質(zhì)量滿足要求的SLAF片段來代表目標(biāo)物種的全基因組信息。它具有以下優(yōu)勢:

1. 高深度測序保證分型準(zhǔn)確；
2. 簡化的策略降低測序成本；
3. 前期簡化方案預(yù)測保障標(biāo)記數(shù)量最優(yōu)；
4. 采用double index技術(shù)能適用于大群體。

（SLAF簡化基因組測序）

簡化基因組檢測方法的主要特點(diǎn)