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雙向電泳(two-dimensional electrophoresis, 2-DE)：第一向通過等電聚焦將不同等電點的蛋白質(zhì)分離，第二向通過聚丙烯酰胺凝膠根據(jù)蛋白質(zhì)分子量的不同進行再次分離。凝膠經(jīng)染色、成像，用軟件進行對比，即可實現(xiàn)對蛋白質(zhì)的定量研究。

雙向電泳有較高的分離能力，兼容性強，適用于動物、植物、細胞、微生物等生物樣本的蛋白質(zhì)組研究；如與質(zhì)譜鑒結(jié)合，還可實現(xiàn)蛋白質(zhì)的定性分析，是蛋白質(zhì)組學研究的經(jīng)典方法。