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免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經(jīng)典方法， 是確定兩種蛋白質在完整細胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。其原理是：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。如果在裂解液中加入偶爾蛋白X的抗體，用蛋白質X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內(nèi)結合的蛋白質Y也能沉淀下來。

目前常用prorein A預先結合固化在argarose的beads上，protein A 能與抗體特異性結合，若細胞中存在與誘餌蛋白X相結合的目的蛋白, 就可以形成蛋白復合物“目的蛋白+誘餌蛋白X+抗誘餌蛋白抗體+ProteinG或A”。再通過Western blot檢測免疫沉淀物。

這種方法得到的目的蛋白是在細胞內(nèi)與興趣蛋白天然結合的，符合體內(nèi)實際情況，得到的結果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內(nèi)結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。