DNA酶足跡法
2019年6月28日
一條評論
足跡法是一種用來測定DNA-蛋白質(zhì)專一性結(jié)合的方法。用于檢測與特定蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA序列的部位,可展示蛋白質(zhì)因子同特定DNA片段之間的結(jié)合區(qū)域。
足跡法是一種用來測定DNA-蛋白質(zhì)專一性結(jié)合的方法。用于檢測與特定蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA序列的部位,可展示蛋白質(zhì)因子同特定DNA片段之間的結(jié)合區(qū)域。
DNA甲基化免疫共沉淀技術(shù)(MeDIP 或mDIP) ，是一個(gè)大范圍的染色體或基因組純化技術(shù)，在分子生物學(xué)中被用于富集DNA甲基化序列。
甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于特異性抗體特異性結(jié)合甲基化修飾的堿基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修飾片段為基礎(chǔ)，然后通過高通量測序，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生甲基化的RNA區(qū)域，獲得結(jié)果。
ShRNA, 為short hairpin RNA的縮寫，翻譯為“短發(fā)夾RNA”。shRNA包括兩個(gè)短反向重復(fù)序列?？寺〉絪hRNA表達(dá)載體中的shRNA包括兩個(gè)短反向重復(fù)序列，中間由一莖環(huán)（loop）序列分隔的，組成發(fā)夾結(jié)構(gòu)，
蛋白-蛋白相互作用是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能研究中最重要的方面之一。GST pulldown實(shí)驗(yàn)是一個(gè)有效驗(yàn)證酵母雙雜交系統(tǒng)的體外試驗(yàn)技術(shù)。將靶蛋白與GST（谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶）融合表達(dá)，并將靶蛋白固化在谷胱甘肽(GSH)親和樹脂上，作為與目的蛋白親和的支撐物，
CLIP，交聯(lián)-免疫沉淀法，是一種主要用于分離和鑒定細(xì)胞中核糖核蛋白復(fù)合體中的RNA、microRNA以及蛋白復(fù)合物的方法。這個(gè)方法可以確定某些RBP是否能與特定的RNA結(jié)合并將RBPs與其結(jié)合的RNA免疫沉淀下來。
RNA純化的染色質(zhì)分離技術(shù)（Chromatin Isolation by RNA Purification，ChIRP）是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白的高通量檢測方法。
標(biāo)記RNA親和純化，TRAP(tagged RNA affinity purification)是一種檢測與RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)(RBPs)的檢測方法。
RNA反義純化(RNA antisense Purification，RAP)是一種檢測轉(zhuǎn)錄后水平與RNA結(jié)合RNA或蛋白質(zhì)的檢測方法。
反向染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（reverse-Chromatin immunoprecipitation assay，reverse-ChIP）相對于染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP），是一種在體內(nèi)狀態(tài)下分析DNA-蛋白質(zhì)相互作用的新方法。
亞細(xì)胞定位是指某種蛋白或表達(dá)產(chǎn)物在細(xì)胞內(nèi)的具體存在部位。例如在核內(nèi)、胞質(zhì)內(nèi)或者細(xì)胞膜上存在。GFP是綠色熒光蛋白，在掃描共聚焦顯微鏡的激光照射下會(huì)發(fā)出綠色熒光，從而可以精確地定位蛋白質(zhì)的位置。
基因分型（Genotyping）是利用生物學(xué)檢測方法測定個(gè)體基因型（Genotype）的技術(shù)。 基因組中的遺傳變異以許多不同形式存在，既有大規(guī)模結(jié)構(gòu)性的染色體改變，也有單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP），
分子標(biāo)記（Molecular Markers）的概念有廣義和狹義之分。廣義的分子標(biāo)記是指可遺傳的并可檢測的DNA序列或蛋白質(zhì)。狹義分子標(biāo)記是指能反映生物個(gè)體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段。
雙分子熒光互補(bǔ)(bimolecular fluorescence complementation，BiFC)分析技術(shù)，是由Hu等在2002年最先報(bào)道的一種直觀、快速地判斷目標(biāo)蛋白在活細(xì)胞中的定位和相互作用的新技術(shù)。
啟動(dòng)子載體，據(jù)啟動(dòng)子序列特性，從基因組中調(diào)取啟動(dòng)子序列，將其構(gòu)建至報(bào)告基因載體中，通過檢測報(bào)告基因來分析啟動(dòng)子關(guān)鍵區(qū)域；同時(shí)可以通過構(gòu)建一系列截短體啟動(dòng)子和定點(diǎn)突變可以確定關(guān)鍵的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。
CRISPR Cas9為新型的基因組編輯技術(shù)，擁有操作簡單，效率高，以及作用靶點(diǎn)多等優(yōu)勢，逐漸成為基因敲除，基因組突變和基因敲除等實(shí)驗(yàn)的標(biāo)準(zhǔn)操作工具。Cas9系統(tǒng)能在293T, K562, iPS等多種細(xì)胞中，進(jìn)行有效的靶向酶切，
RNA 干擾（RNA interference, RNAi）技術(shù)，是將與內(nèi)源mRNA 編碼區(qū)同源的小片段（19~23 bp）外源雙鏈 RNA（siRNA）導(dǎo)入細(xì)胞中，引發(fā)細(xì)胞中相應(yīng)mRNA 高效特異性降解，從而導(dǎo)致特定基因表達(dá)沉默（knock down）的一種實(shí)驗(yàn)技術(shù)。
表達(dá)載體（Expression vectors）就是在克隆載體基本骨架的基礎(chǔ)上增加表達(dá)元件（如啟動(dòng)子、RBS、終止子等），使目的基因能夠表達(dá)的載體。如表達(dá)載體pKK223-3是一個(gè)具有典型表達(dá)結(jié)構(gòu)的大腸桿菌表達(dá)載體。
原核表達(dá)系統(tǒng)是將外源cDNA片段克隆到原核表達(dá)載體上然后轉(zhuǎn)化表達(dá)菌株，在原核生物來表達(dá)外源蛋白的系統(tǒng)，主要包括大腸桿菌表達(dá)、枯草芽孢桿菌表達(dá)、鏈霉素表達(dá)等。
差減文庫 ( Subtractive cDNA library) 也稱扣除文庫、差減cDNA文庫、抑制性消減文庫（Suppression Subtractive hybridization, SSH）。減法雜交的本質(zhì)是除去那些普遍共同存在的cDNA序列，從而使欲分離的目的基因的序列得到有效的富集，提高了分離的敏感性。