MicroRNA 數(shù)據(jù)庫

miRBase

miRBase (www.mirbase.org) 提供已發(fā)布的microRNA序列、注釋、目標(biāo)預(yù)測等，以及方便的在線查詢界面，允許用戶通過關(guān)鍵字或序列搜索已知的microRNA和目標(biāo)信息。它是主要的microRNA序列數(shù)據(jù)庫之一。Mirbase由英國曼徹斯特大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院（University of Manchester）主辦和維護(hù)，當(dāng)前版本為22，于2018年3月發(fā)布。這個(gè)版本包含38589個(gè)條目，代表2771個(gè)物種中表達(dá)48885個(gè)成熟小RNA產(chǎn)物的發(fā)夾前體小RNA。數(shù)據(jù)庫得到積極維護(hù)，并于2018年10月進(jìn)行了最后更新]。MIRBASE是參與RNACentral（https://rnacentral.org/）的專家數(shù)據(jù)庫之一。RNACentral是一個(gè)全面的nvRNA序列集合，主要收錄非編碼RNA信息。

DIANA-TarBase v8.0

Diana TarBase 8.0:Diana實(shí)驗(yàn)室工具的一部分，網(wǎng)址是http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex?。主要收錄人類、小鼠、果蠅、現(xiàn)充和斑馬魚中經(jīng)過實(shí)驗(yàn)測試的miRNA作用靶點(diǎn)信息，區(qū)分檢測陽性和陰性的miRNA作用靶點(diǎn)。

YM500

YM500收錄小RNA測序信息數(shù)據(jù)庫，用于microRNA研究。網(wǎng)址是http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php。

 

PolymiRTA 3.0: Polymorphism in microRNA Target Sites

來自美國田納西大學(xué)健康科學(xué)中心建立的數(shù)據(jù)庫，主要收錄預(yù)測和驗(yàn)證的小RNA靶位點(diǎn)中自然發(fā)生的DNA變異數(shù)據(jù)信息?？梢运阉?，同時(shí)可以下載數(shù)據(jù)。網(wǎng)址是：http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/

miRWalk 3.0: microRNA target database

是一個(gè)全面的數(shù)據(jù)庫，提供了人類、小鼠和大鼠的小RNA預(yù)測信息，以及目標(biāo)基因上已驗(yàn)證和預(yù)測的結(jié)合位點(diǎn)。德國曼海姆法庫爾特海德堡魯普雷希特卡爾斯大學(xué)搭建。網(wǎng)址是http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

DIANA-miRGen v3.0

miRGen同樣是Diana實(shí)驗(yàn)室工具的一部分，網(wǎng)址是http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3%2Findex，

它是一個(gè)理想的小RNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究數(shù)據(jù)庫，包括細(xì)胞系特異性小RNA基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSSS）和轉(zhuǎn)錄因子（TF）結(jié)合位點(diǎn)的全基因組圖譜。它與其它Diana資源有關(guān)，用于識別小RNA靶點(diǎn)和進(jìn)行途徑分析。

miRGator 3.0

miRGator數(shù)據(jù)庫是一個(gè)miRNA的功能注釋的導(dǎo)航工具。功能分析和表達(dá)譜分析與靶基因預(yù)測相結(jié)合，以推斷小RNA的生物學(xué)功能。網(wǎng)址是http://mirgator.kobic.re.kr/

PMRD/PNRD

中國農(nóng)業(yè)大學(xué)編寫的PMRD是一個(gè)植物miRNA數(shù)據(jù)庫。它由microRNA序列及其目標(biāo)基因、二級維結(jié)構(gòu)、表達(dá)譜、基因組瀏覽器等組成，并試圖整合大量有關(guān)植物microRNA數(shù)據(jù)的信息。它包括130多種植物物種，包括水稻、番茄、棉花、大豆、花生和擬南芥。后更名為PNRD。不但miRNA，還包括其他ncRNA數(shù)據(jù)。網(wǎng)址是http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

 

doRiNA 2.0

doRiNA是轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中RNA相互作用的數(shù)據(jù)庫。在動物中，轉(zhuǎn)錄后的RNA結(jié)合蛋白（RBPs）和microRNAs（miRNAs）通過結(jié)合RNA來調(diào)節(jié)幾乎所有基因的表達(dá)。在doRiNA中，系統(tǒng)地管理、存儲和集成RBPs和miRNAs的綁定站點(diǎn)數(shù)據(jù)。用戶可以在數(shù)據(jù)上自由選擇一個(gè)以目標(biāo)（mRNA）或調(diào)節(jié)器（RBP和/或miRNA）為中心的視圖。網(wǎng)址是

https://dorina.mdc-berlin.de/。但是該網(wǎng)站數(shù)據(jù)比較少，而且很久未見更新！

 

STarMirDB

用Starmir算法預(yù)測一組microRNA結(jié)合位點(diǎn)，網(wǎng)址是https://www.labome.com/bin/ea.pl?link=sfold.wadsworth.org/starmirDB.php

 

 

Vir-Mir

臺灣臺北中科院生物醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所搭建。它是一個(gè)包含預(yù)測病毒miRNA候選發(fā)夾的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址是http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

Vita

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

它收集了來自mirbase和ictv、virgne、vbrc等的數(shù)據(jù)信息

• MED: Sarcoma - microRNA Expression Database

它是不同類型人肉瘤腫瘤中micrornas表達(dá)數(shù)據(jù)的存儲庫，并選擇正常組織。

 

miRNASNP v2.0

是一個(gè)功能、遺傳學(xué)和疾病研究數(shù)據(jù)庫，研究與小RNA相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性（SNP）

它包括可能影響小RNA生物發(fā)生和/或小RNA靶結(jié)合的基因

數(shù)據(jù)包括：小RNA的表達(dá)水平；小RNA與不同組織中靶基因的表達(dá)相關(guān)性，單核苷酸多態(tài)性與全基因組關(guān)聯(lián)研究結(jié)果的聯(lián)系，實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的小RNA:mRNA相互作用，功能性單核苷酸多態(tài)性。

網(wǎng)址是http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP2/

DIANA-miRPath

miRPath也是Diana實(shí)驗(yàn)室工具之一。網(wǎng)址是：http://snf-515788.vm.okeanos.grnet.gr/

它是一個(gè)基于網(wǎng)絡(luò)的計(jì)算工具和數(shù)據(jù)庫，用于識別microRNA調(diào)節(jié)的分子途徑，并確定7種物種（智人、小家鼠、褐家鼠、黑腹果蠅、秀麗隱桿線蟲、五倍子和紅果蠅）中microRNA的功能作用

 

miRTarBase 7.0

是一個(gè)人工組織和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的小RNA靶相互作用（miRNA-target interactions (MTIs)）數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包含10000多個(gè)MTIs，通過報(bào)告分析、蛋白質(zhì)印跡或微陣列實(shí)驗(yàn)進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

SomamiR

是一個(gè)用于研究小RNA在癌癥中的作用的數(shù)據(jù)庫